لا تجوز الصلاة في مسجد فيه قبور، والأصل أن تُنبش تلك القبور، وينقل ما فيها من رفاتٍ إلى المقابر لتُدفن هناك كسائر القبور الأخرى، فالأصل عدم جواز بقاء القبور في المساجد، سواءً كانت قبوراً لأولياء أمّ لعوام الناس، فقد ثبت عن النبي -صلّى الله عليه وسلّم- نهيه عن ذلك، بل إنّه قد لعن اليهود والنصارى لقيامهم بذلك الفعل، وأخبر أنّهم شرار الخلق، فالواجب على المسلم أن يتجنّب ذلك الفعل ويبتعد عنه، والحكمة من ذلك النهي تكمُن في أنّ المسلم إن صلّى في مسجدٍ فيه قبرٌ؛ فقد يزيّن له الشيطان أن يدعو الميت، أو يستغيث به، أو يصلّي له، وذلك كلّه يؤدي بالمسلم إلى الوقوع في الشرك الأكبر، كما أنّ في ذلك تشبهاً باليهود والنصارى الواجب مخالفتهم، وإن كان المسجد قد استُحدث فوق القبور؛ أي أنّ القبور كانت سابقةً له في المكان؛ فقد نصّ أهل العلم على وجوب إزالة المسجد وهدمه، ففي ذلك سدٌّ لذرائع الشرك بالله تعالى.[1]
لا تُشرع الصلاة في المسجد الذي يحتوي على قبرٍ، وإن كان محوطاً بجدارٍ، أمّا إن كانت القبور تقع خارج المسجد، في يمينه، أو شماله، أو أمامه وفي قبلته؛ فلا تأثير لذلك على مشروعية الصلاة فيه وصحّتها، فجدار المسجد المقام بينه وبين المقبرة يكفي للفصل بينهما، ويشترط بعض العلماء لجواز الصلاة في المسجد الذي يقع قريباً من مقبرة؛ ألّا يكون مبنياً هناك خصوصاً من أجل المقبرة، فإن اعتقد المسلم أنّ في وجود المسجد بالقرب من المقبرة زيادةٌ في الفضل أو البركة؛ فلا يجوز ذلك؛ لأنّه صورةٌ من صور الشرك بالله تعالى.[2][3]
تجوز الصلاة في المساجد التي بُنيت من مالٍ حرامٍ دون بأسٍ؛ وذلك لأنّ الأصل في الأموال المحرّمة أو التي تشتمل على شيءٍ من الحرام أن تُصرف في مثل هذه المصارف الشرعية؛ من بناء المساجد، والتصدّق على الفقراء، وبناء دورات المياه، والإعداد للجهاد والمجاهدين، وغير ذلك ممّا فيه مصلحةٌ للمسلمين، ولا يجب أن تُترك أو تُحرق بدل الانتفاع بها.[4]