تشكّل المخلفات الناتجة من الأنشطة الزراعية خطراً على البيئة، ويشار إلى تعدد الأسباب التي تؤدي إلى الإضرار بالتوزان الطبيعي بين الإنسان والبيئة، ومن تلك الأعمال الزراعية والسلوكيات الخاطئة ما يأتي:[3]
لا شكّ أن المبيدات الزراعية التي تختلط بالماء والتربة والأطعمة الزراعية تتسبب بالعديد من المشاكل؛ سواء على البيئة أو صحة الإنسان، وعلى الرغم من أنها تساهم في التخلص من الحشرات الضارة والآفات الأخرى، إلا أنّ إطلاق مثل هذه المبيدات في البيئة تساهم في تلوث المياه، وتحويل الجداول، والبحيرات، والمياه الجوفية والبحر إلى أماكن لتخزين السموم، لِهذا تعتبر المبيدات الحشرية خطيرة، وتصنف من البالغة الخطورة إلى المعتدلة، وتقْدر نسبة استخدام الدول المتقدمة لها بنسبة 75% بحسب ما تم تصنيفه من منظمة الصحة العالمية،[3] كما تساهم المبيدات في التأثير على التنوع الحيوي، والإضرار في السلسلة الغدائية.[4]
يكثر استخدام الأسمدة التي تفيد في تحسين نمو الزراعة، وتحسين خصائص التربة، ولكن هناك العديد من الاستخدمات الخاطئة للأسمدة، حيثُ يتسبب الإفراط باستخدام كميات كبيرة من الأسمدة في تلوث المياه الجوفية، وكذلك تتأثر الكائنات الحية المختلفة بسبب تلوث المياه، مما يخلق خللاً في التوازن الطبيعي للبيئة في ذلك المكان.[3]