إنَّ فهمَ آليّة عمل أفران الميكروويف يُمكن أن يُساعد في توضيح التساؤلات المتكرّرة حول الضرر الذي تُسبّبه لجسم الإنسان، مثل التساؤلات التي تدورُ حول الأشعة التي تُطلقها عندَ الطبخ؛ إذ تستخدم هذه الأفران موجاتٍ من الطاقة التي تُشبه موجات الراديو ولكن بمجالٍ أقصر، وهي عبارةٌ عن موجاتٍ انتقائيّة بشكلٍ ملحوظ فهيَ تُؤثّر في المقام الأوّل في المياه وغيرها من الجزيئات غير المتناظرة كهربائياً (أي المشحونة بطرفٍ بشحنةٍ موجبة، والطرف الآخر بشحنةٍ سالبة)، وتُسبّب هذه الجزيئات الاهتزاز وسرعان ما تتراكم الحرارة ويُصبح الطعام ساخناً.
اجتمع العلماءُ وخبراء التغذية بأنَّ أفضل طريقة للطهي الطعام هي عن طريق طبخها بسرعةٍ، وفوقَ حرارةٍ عاليةٍ، ولأقصر مدّةٍ ممكنة، بالإضافةِ لاستخدام كميّة أقل من السوائل، والطهي بالميكروويف يُؤمّن كُلَّ هذه الخصائص، لذا فإنَّها معجزةٌ هندسيّة توفّر الكثير من الوقت لربة المنزل وتُقدّم طعاماً محضّراً بطريقةٍ صحيّة.
الطبخ بشكلٍ عام يُفقِد الطعام قيمته الغذائيّة من الفيتامينات والمعادن سواءً كان بالميكروويف أو بالفرن العادي، ولكنَّ مدّة طهي الميكروويف أقصر، فهو يقوم بعملٍ أفضل في الحفاظ على القيمة الغذائيّة للطعام أكثر من الأفران العاديّة، وعلى سبيل المثال الخُضار المسلوقةُ في الماء تتسرّبُ منها الفيتامينات والمعادن الموجودةُ إلى الماء، فالقرنبيط المسلوق يفقد الكبريت الذي يُعطيه خصائص مضادة للسرطان.
من أفضل طرق الطهي الأُخرى طريقة الطهي على البُخار، وهي تماماً الآلية التي تستخدمها أفران الميكروويف، لذا فإنَّ الطهي بالمايكروويف يُعتبر صحياً أكثر من أيّ طُرقٍ أُخرى، فهي تُحافظُ على القيمةِ الغذائيّة للخُضار والطعامِ بشكلٍ عام.