إنّ تهيج الحلق من أكثر الأعراض الجانبية انتشاراً للاستهلاك المفرط لخل التفاح حسبما صرحت به أخصائية التغذية كاثرين زيراتسكي، فهو يعتبر مادة حمضية لأنّ حمض الأسيتيك من أهم مكوّناته، ويمكن تجنب هذه المشكلة عن طريق تخفيف الخل مع الماء لتجنب الإصابة بالتهيج في جدار المريء.[1]
يمكن أن يضعف الاستهلاك المفرط لخل التفاح مينا الأسنان، ويعود السبب لحمض الأسيتيك الذي يدمر مينا الأسنان ويجعلها أكثر عرضةً للإصابة بالتسوس، ويمكن حل هذه المشكلة عن طريق تخفيف الخل بالماء لكن ينصح باستشارة طبيب الأسنان قبل استهلاكه.[1]
يمكن أن يقلل خل التفاح من نسب الجلوكوز في الدم مما يعني أنّه يمكن أن يفيد مرضى السكري من النوع الثاني أو الأشخاص الذين يعانون من مقاومة الإنسولين ولكنه قد يضر بالأشخاص الذي يملكون نسب سكر دم غير منتظم، حيث قد يؤدي إلى انخفاض نسب السكر في الدم لتصل إلى حالة نقص السكر والذي يحرم الدماغ من الجلوكوز ويتسبب بنوبات تشنج وفقدان للوعي، لذا ينصح استشارة الطبيب في كل الأحوال قبل استهلاك خل التفاح.[1]
أثبتت الدراسات أنّ تناول خل التفاح يؤخر معدل إخراج الطعام من المعدة، الأمر الذي قد يؤثر سلباً في مرضى السكري من النوع الأول لأنّه يزيد سوء أعراض خزل المعدة (عارض صحي منتشر بين مرضى السكري من النوع الأول) ويزيد صعوبة التحكم بمعدلات السكر في الدم.[2]
يؤثر خل التفاح في الجهاز الهضمي عن طريق تقليله للشهية وتسببه بالشعور بالغثيان وخاصةً عند استهلاكه كمكوّن لمشروب سيئ النكهة.[2]
إنّ استهلاك 230 ملليلتراً من خل التفاح قد يؤدي إلى خفض نسب البوتاسيوم في الجسم، حيث ظهرت حالة لشخص عانى من خفض نسب البوتاسيوم بالإضافة إلى ضعف العضلات (هشاشة العظام) بعد استهلاكه لـ250 ملليلتراً من الخل يومياً ولمدّة ست سنوات.[3]