لون العيون عند الإنسان يكون حسب القواعد المندلية في الوراثة، فهو موروثٌ بنفس الطريقة التي يرث بها الشخص لون الشعر والجلد، بمعنى أنّ الجينات للألوان الداكنة تكون هي المسيطرة، ويوجد في العيون مادةً تعرف بالميلانين الذي ينتجه الجسم كصبغةٍ للشعر والجلد، وتختلف نسبة وجود هذه الصبغة من شخصٍ إلى آخر.
في الجسم الكثير من جزيئات الميلانين، وكل جزءٍ منه له اللون البني الغامق، وعند اجتماع الجزيئات في العين بشكل كثيف يكون لون العيون بني غامق، وإذا قلت كثافة هذه الجزيئات في العيون يكون اللون بني فاتح وإذا كان شبه معدوم يكون اللون أزرق، ومن الناحية العلمية يتم تقسيم لون العيون إلى قسمين، هما:
لقد أوضح الكثير من الأطباء أنّ عيون الأطفال عند الولادة تكون ملونة، ثمّ يتغير لونها مع مرور الوقت، وهذا لأنّ القزحية الموجودة في العين تكون خاليةً من الأصباغ، وهذه الأصباغ التي تعطي العيون ألوانها المختلفة تتكون في عيون الأطفال بعد مرور ثلاثة أشهرٍ من الولادة، وفي هذا العمر يكون اللون الحقيقي للعيون قد ظهر بشكلٍ جليٍ، فمثلاً إذا كان لون عيون الطفل عند الولادة أزرق فاتح فسيتغير بعد ثلاثة أشهرٍ إلى الأزرق الغامق، وإذا كان اللون بني فاتح فسيتحول بعمر الثلاثة أشهر إلى بني غامق، وبما أنّ عيون الأطفال عند الولادة تكون خاليةً من الأصباغ فإنها ستتأثر بتعرضها للضوء ممّا يؤدي إلى تغير اللون حتّى ثباته.