تتنفس معظم الأنواع المختلفة من السلاحف سواء على البر أم في المياه العذبة أم في المحيط، من خلال الرئتين،[1] ولكن تسبّب قوقعة السلحفاة صعوبة في تهوية الرئتين، لأنّ صلابتها تمنع الأضلاع من ضخّ النفس، وبما أنّ السلحفاة تمتلك العديد من العضلات داخل القوقعة، إلا أنّ هذه العضلات تساعد على استرخائها ممّا يسمح للهواء بالدخول والخروج من الرئتين، كما يمكن للسلحفاة تغيير الضغط الداخليّ على الرئتين من خلال تحريك أطرافها لداخل وخارج القوقعة.[2]
تتنفّس السلاحف المائية من خلال امتصاص الأكسجين من الماء عن طريق الجلد،[1] وتستطيع السلحفاة أن تتنفس من خلال الرئتين في المياه الباردة، وذلك عن طريق عملية التمثيل الغذائيّ البطيء، إذ كلما كان التمثيل الغذائيّ بطيئاً، احتاجت السلحفاة لطاقة وأكسجين أقل، لذلك عند سبات أو نوم السلحفاة، فإنها تعتمد في تنفسها على الطاقة المخزّنة، أو على امتصاص الأكسجين من الماء عن طريق تحريك المياه فوق سطح جسمها الممتلئ بالأوعية الدموية وخاصةً في مؤخرتها، وبالتالي تستطيع التنفس من خلال هذه الأوعية الدموية.[3]
يتركّب جسم السلحفاة من فكّ قوي دون أسنان، وتمتلك قوقعة قوية، تحتوي على صفائح عظمية مغطّاة بطبقة صلبة، حيث تغطي هذه القوقعة ظهر وجانبي السلحفاة، كما تستطيع معظم السلاحف سحب رأسها لداخل القوقعة من خلال لفّ العنق على شكل S، بينما تستطيع السلاحف الأخرى، مثل السلاحف جانبية الرقبة من تحريك رأسها للجانب، وثنيه بجوار الكتف.[1]
تحتفظ السلحفاة بقوقعتها طوال حياتها، ولكونها جزءاً لا يتجزّأ من جسم السلحفاة، فلا يمكنها الخروج أو التخلّص منه كبعض الأنواع الأخرى من الزواحف، كما تمتلك السلحفاة في العادة نوعين من العظام، النوع الأول يتمثّل بالعظام الجلدية والتي تتشكّل في الجلد، والثاني يتمثّل بالعظام الغضروفية والتي تتواجد في الهيكل العظميّ، ويُذكر أنّ الدرع القرني (بالإنجليزية: carapace) للسلحفاة يحتوي على ما يقارب على عشر فقرات، تغطّيها صفائح جلدية، بينما يتشكّل محيط القشرة من العديد من الصفائح الجلدية أيضاً، كما يحتوي صدر السلحفاة (بالإنجليزية:plastron) على أربعة أزواج من الصفائح الكبيرة العظمية، واحدة منها تقع على الجزء الأمامي من جبهة السلحفاة.[4]